หลังการตรวจโดยละเอียดแล้วจะมีการวางแผนการรักษาอย่างเป็นระบบ ในบางกรณีอาจต้องทำการรักษาความผิดปกติอื่นที่พบร่วมก่อน เช่น ปัญหาทางหัวใจ ปอด หลังจากนั้นบิดามารดาจะได้รับคำแนะนำในการเลี้ยงดูทารก ความรู้เรื่องการให้อาหาร ขณะให้อาหารทารกที่มีเพดานโหว่ ควรจัดท่าให้ศีรษะสูงจะได้ไม่สำลัก ในทารกที่กินนมแม่จำเป็นต้องมีผู้เชี่ยวชาญในการเข้าช่วยเหลือเพื่อให้ทารกกินนมแม่ได้สำเร็จ ในทารกที่กินนมผสมจากขวด อาจต้องใช้ขวดนมชนิดพิเศษ จุกนมต้องยาว และนิ่ม รูออกของน้ำนมจะต้องใหญ่กว่าปกติเล็กน้อย ทารกจะได้ดูดสะดวก และไม่ดูดเอาอากาศเข้าไปมากซึ่งจะทำให้ท้องอืด หลังดูดนมจะต้องอุ้มทารกให้ศีรษะสูงให้เรอ เสร็จแล้วจึงวางนอน เมื่อถึงเวลาจะต้องรับการผ่าตัดแก้ไข จะต้องเตรียมตัวเด็กให้พร้อม แข็งแรง ไม่มีไข้ ไอ น้ำมูก หรือการติดเชื้อ เพื่อจะทำให้การรักษาโดยการผ่าตัดได้ผลดีที่สุด หลังการผ่าตัดจะต้องดูแลความสะอาดแผลให้ดี ระมัดระวัง ไม่ให้แผลมีการฉีกขาดหรือกระทบกระเทือน จึงจำเป็นต้องดูแลเด็กอย่างใกล้ชิด เนื่องจากมักจะต้องผ่าตัดตั้งแต่อายุยังน้อย เช่น 3 เดือน – 1 ปี ซึ่งเด็กยังดูแลตัวเองไม่ได้ การดูแลเรื่องช่องปากต้องใส่ใจเป็นพิเศษ เมื่อฟันเริ่มขึ้น ถึงเวลาต้องแปรงฟันทำความสะอาดช่องปาก ควรพบทันตแพทย์เด็กให้ช่วยแนะนำ รวมทั้งทันตแพทย์จัดฟัน ซึ่งอาจต้องใช้เครื่องมือทางทันตกรรมสำหรับเด็กบางราย เพื่อช่วยเตรียมการเจริญเติบโตของฟันและเพดาน เวลาในการผ่าตัดแก้ไขเพดานโหว่สำคัญมาก เนื่องจากต้องแก้ไขก่อนเด็กเริ่มหัดพูด ถ้าทำหลังจากนั้นเด็กจะพูดไม่ชัด แต่ถ้าทำเร็วเกินไปก็อาจมีผลต่อการเจริญเติบโตของกระดูกใบหน้า เสร็จจากการผ่าตัดเพดานแล้ว เด็กจะต้องได้รับการสอนวิธีการพูดให้ชัดเจนโดยผู้เชี่ยวชาญซึ่งเป็นนักแก้ไขการพูดและภาษา เพื่อเตรียมการ
และฝึกอวัยวะต่างๆ ในการพูดให้เหมือนปกติที่สุด โดยจะทำงานร่วมกับศัลยแพทย์และทันตแพทย์ การฝึกพูดจะแตกต่างกันไปในเด็กแต่ละพื้นที่ จากการใช้ภาษา วัฒนธรรม และพื้นฐานการศึกษา ซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นมากในการวางแผนการรักษาต่อเนื่อง ปัญหาอื่น เช่น ความพิการทางหู การอักเสบของหูชั้นกลาง ความพิการซ้ำซ้อนอื่นๆ ซึ่งควรจะได้รับการดูแลร่วมกันโดยทีมสหวิทยาการโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้สภาพของร่างกายหรือ อวัยวะต่างๆ ผิดปกติของเด็กได้รับการแก้ไขให้เป็นปกติ
หรือใกล้เคียงปกติมากที่สุด มีสุขภาพกาย และใจที่ดี ไม่มีโรคแทรกซ้อน สามารถใช้อวัยวะในการเคี้ยว การกินอาหาร ให้เป็นปกติมากที่สุด สามารถพูดให้คนทั่วไปเข้าใจได้ชัดเจน ใกล้เคียงกับคนปกติมากที่สุด มีโอกาสพัฒนาร่างกาย จิตใจ และสติปัญญา ลดปมด้อยของตัวเอง และสามารถกลับสู่สังคมได้อย่างมีความสุข จากปัญหาต่างๆ ของผู้ป่วยปากแหว่งเพดานโหว่ และแนวทางรักษาผู้ป่วย ที่ต้องมีแพทย์ บุคลากรทางการแพทย์มากมายหลากหลายสาขาเข้ามาร่วมกันเป็นทีมสหสาขาวิชาชีพ เพื่อจะได้ดูแลผู้ป่วยได้ดีและมีประสิทธิภาพมากที่สุด

ทีมสหวิทยาการ ประกอบด้วย ศัลยแพทย์ตกแต่ง ทันตแพทย์เด็กจัดฟัน ศัลยกรรมช่องปาก ใส่ฟัน นักแก้ไขการพูดและภาษา นักสังคมสงเคราะห์ สูติแพทย์ กุมารแพทย์ ผู้เชี่ยวชาญด้านการให้นม รังสีแพทย์ แพทย์ หู คอ จมูก และพยาบาลผู้ประสานงาน ทีมสหวิทยาการนี้จะต้องร่วมกันดูแลปัญหาที่ซับซ้อนของเด็กแต่ละราย และช่วยจัดการวางแผนการรักษา และดูแลต่อเนื่อง โดยปรับแนวทาง
การรักษาตามพื้นฐานของครอบครัว ลักษณะความผิดปกติที่พบ อาจจำเป็นต้องมีหน่วสังคมสงเคราะห์เข้าให้การช่วยเหลือ หรือจัดวางแผนการรักษาให้เหมาะสมเพื่อผลประโยชน์สูงสุดของผู้ป่วย ผ่าตัดแก้ไขริมฝีปากครั้งแรก เมื่อเด็กอายุ 3 เดือนขึ้นไป น้ำหนักมากกว่า 10 ปอนด์ หรือ ประมาณ 5 กิโลกรัม จุดประสงค์ของการผ่าตัดซ่อมแซมริมฝีปาก คือ สร้างริมฝีปากและแก้ไขจมูกให้กลับคืนสู่สภาพที่ใกล้เคียงกับปกติให้มากที่สุด การผ่าตัดริมฝีปากในเด็กนั้น จะต้องทำโดยการดมยาสลบจึงต้องมีการเตรียมเด็กให้พร้อมได้แก่ การงดน้ำ นม และอาหารอื่น ๆ อย่างน้อย 6 ชั่วโมง เพื่อป้องกันการสำลักอาหารระหว่างการดมยาสลบ การตรวจเลือดเพื่อดูความสมบูรณ์ของร่างกาย ระหว่างรอการผ่าตัดแพทย์มักจะให้สารน้ำทางหลอดเลือดแก่เด็กเพื่อให้ได้รับสารน้ำทดแทนระหว่างการงดอาหารและน้ำ และเป็นทางสำหรับการฉีดยาเพื่อการดมยาสลบด้วย สำหรับวิธีการผ่าตัดของแพทย์นั้นจะมีด้วยกันหลายวิธี ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับลักษณะความพิการของปากและจมูก โดยทั่วไปแพทย์จะผ่าตัดโดยการเลื่อนกล้ามเนื้อผิวหนังและส่วนต่างๆ ให้กลับมาอยู่ในตำแหน่งที่ ถูกต้อง และใช้เนื้อเยื่อส่วนต่างๆ
บนใบหน้ามาหนุนสร้างความนูน ความสูง ลักษณะของจมูกและริมฝีปาก ขั้นตอนในการผ่าตัดนี้มักจะกินเวลาไม่นานประมาณ 1-2 ชั่วโมง

ผ่าตัดแก้ไขเพดานครั้งแรก แพทย์จะทำการผ่าตัดเพดานหลังจากการผ่าตัดริมฝีปากประสบผลสำเร็จ และได้ริมฝีปากที่สมบูรณ์และแข็งแรงดีแล้วอายุที่เหมาะสมสำหรับการผ่าตัดเพดานโหว่ มักจะอยู่ประมาณ 10 เดือนถึง 1 ปีครึ่ง ซึ่งเป็นช่วงเวลาที่เด็กจะเริ่มใช้เพดานในการพูด ซึ่งหากได้รับการผ่าตัดที่สมบูรณ์ การพูดของเด็กมีโอกาสที่จะใกล้เคียงกับเด็กปกติค่อนข้างสูง เด็กต้องได้รับการเตรียมตัวเช่นเดียวกับการเตรียม สำหรับการผ่าตัดริมฝีปาก การผ่าตัดเพดานโหว่ แพทย์มักใช้เนื้อเยื่อของเพดานทั้งสองข้าง เลาะออกจากกระดูกเพดาน แล้วเลื่อนเข้ามาหากันตรงกลาง โดยการเลาะเนื้อเยื่อส่วนโพรงจมูกกล้ามเนื้อเพดาน และเยื่อบุเพดานมาเย็บข้าหากันเป็นสามชั้น ที่สำคัญที่สุด คือ กล้ามเนื้อของเพดานอ่อนที่แพทย์จะพยายามซ่อมให้ได้กล้ามเนื้อที่สมบูรณ์ที่สุดเพื่อผลในการพูดและการกลืนอาหารที่ปกติที่สุด ส่วนด้านข้างของเพดานที่แพทย์เลาะเลื่อนเข้ามานั้นจะค่อยๆ งอกเองจนเป็นเพดานเต็มผืนได้เองในที่สุด ซึ่งมักจะใช้เวลาประมาณ 1 เดือน เมื่อเด็กได้รับการผ่าตัดแล้ว การดูแลหลังการผ่าตัดมีความสำคัญมาก โดยต้องได้รับความร่วมมือจากพ่อแม่ เนื่องจากการดูแลที่ไม่ดีพอจะส่งผลทำให้แผลหายช้า เกิดแผลอักเสบ และแผลที่เย็บไว้แยกออกจากกันได้ ซึ่งรูทะลุที่เกิดขึ้นนั้นอาจจะส่งผลให้ต้องทำการแก้ไขอีกหลายครั้ง ซึ่งยุ่งยากมากและผลการรักษาที่ได้จะไม่ดี รวมทั้งการใช้งานของเพดานหรือริมฝีปากอาจไม่ปกติได้ โดยทั่วไปแพทย์มักจะมีคำแนะนำให้ งดการดูดนมหลังการผ่าตัด โดยใช้ช้อนหรือหลอดหยดน้ำ หรือนมแทน จนกว่าแผลจะหายดีและแข็งแรงเพียงพอโดยทั่วไปประมาณ 1 เดือน หลังการผ่าตัดควรทำความสะอาดแผลตามคำแนะนำของแพทย์ และเมื่อกลับบ้านแล้วควรปฏิบัติตามคำแนะนำของแพทย์อย่างต่อเนื่อง แผลผ่าตัดริมฝีปากมักจะใช้ไหมเย็บชนิด
ละลายได้ ส่วนแผลที่เพดานนั้นไม่ต้องตัดไหม แต่จะต้องมารับการตรวจดูสภาพของแผลอีกครั้ง อีกครั้ง ควรดูแลรักษาต่อเนื่อง เช่น การฝึกการใช้ริมฝีปาก เพดาน การดูแลการจัดฟันและการผ่าตัดซ่อมแซมเหงือก รวมทั้งการแก้ไขจมูกที่ยังไม่สมบูรณ์ การผ่าตัดปากแหว่งเพดานโหว่ อาจมีผลข้างเคียงเช่นเดียวกับการผ่าตัดทั่วไป เช่น เลือดออกจากแผลผ่าตัดโดยเฉพาะการผ่าตัดเพดานโหว่ บางครั้งถ้าออกมากอาจต้องกลับเข้าไปในห้องผ่าตัดใหม่เพื่อทำการห้ามเลือด

การแยกของแผลผ่าตัด การอักเสบติดเชื้อ โดยเฉพาะแผลเพดานโหว่สามารถเกิดการทะลุได้ อาจเนื่องจากความตึงของแผล การให้รับประทานอาหารที่ไม่ถูกต้องตามเวลาที่ควร การอักเสบติดเชื้อที่แผลผ่าตัดเป็นต้น ผลข้างเคียงจากการดมยาสลบ พบได้บ้างในช่วงแรกหลังการผ่าตัด อาจเกิดการบวมของหลอดลม ทำให้การหายใจผิดปกติได้ ซึ่งมักจะทำการรักษาแก้ไขได้หากยังอยู่ที่โรงพยาบาล

แผลผ่าตัดเกิดการปูดนูนหรือต้องการการแก้ไขเพิ่มเติม เช่นเดียวกับแผลผ่าตัดทั่วไป การเกิดแผลนูนหลังการผ่าตัดปากแหว่งนั้นเกิดขึ้นได้บ่อย ทั้งนี้อาจเนื่องจากเนื้อเยื่อริมฝีปากเล็ก ตึง ทำให้การเย็บทำได้ค่อนข้างยากแต่ทั้งนี้แพทย์สามารถแก้ไขให้แผลดีขึ้นได้ในการผ่าตัดครั้งต่อๆ ไป หรือรอเวลาให้เด็กโตพอสมควรจึงทำการผ่าตัดแก้ไขให้ใหม่ก็ได้

สำหรับการดูแลความสะอาดฟันและช่องปาก รวมทั้งการ เริ่มฝึกพูดเริ่มผ่าตัดแก้ไขจมูก และการรับคำปรึกษาจากทันตแพทย์จัดฟันควรทำควบคู่กันไปหลังการผ่าตัด

การผ่าตัดแก้ไขแผลเป็น และความผิดปกติที่ยังหลงเหลืออยู่ เช่น จมูกการผ่าตัดแก้ไขฟัน ผ่าตัดแต่งเติมลิ้นไก่ เพื่อให้การพูดชัดเจนยิ่งขึ้นจะทำก่อนวัยเรียน หลังจากนั้นจะมีการผ่าตัดแก้ไขความผิดปกติที่เหลือให้ใกล้เคียงปกติมากที่สุด รวมทั้งผ่าตัดแก้ไขความผิดปกติของกระดูกขากรรไกรบนและล่าง หลังจากที่ได้รับการจัดฟันเรียบร้อยแล้ว

การดูแลของทีมสหวิทยาการเริ่มตั้งแต่การคลอดของเด็กปากแหว่งเพดานโหว่ หรือตั้งแต่ทราบในระหว่างการตั้งครรภ์ การเป้าหมายของการดูแลผู้ป่วยปากแหว่ง เพดานโหว่ คือ การฟื้นฟูสภาพที่สมบูรณ์ทั้งในมิติด้านรูปร่างความสวยงาม หน้าที่การทำงาน จิตวิทยาสังคม และการเจริญเติบโต ผลลัพธ์ของการรักษาต้องได้รับการประเมินเมื่อกระดูกใบหน้าของผู้ป่วยเจริญเติบโตโดยสมบูรณ์แล้วที่อายุประมาณ 19 ปีขึ้นไป